Mark Anthony Aguirre se narodil 10. prosince 1959 v Chicagu ve státě Illinois. Už od útlého věku projevoval mimořádný talent pro basketbal, který ho brzy vynesl mezi nejlepší hráče své generace. Jeho středoškolská kariéra na Westinghouse High School v Chicagu byla plná úspěchů, kde se stal jednou z nejžádanějších posil pro univerzitní týmy po celé zemi. Jeho dynamický styl hry a schopnost dominovat na hřišti z něj udělaly hvězdu ještě předtím, než vůbec vkročil na univerzitní palubovky.
Aguirre se rozhodl zůstat doma a nastoupil na DePaul University, kde hrál pod trenérem Rayem Meyerem. Jeho příchod okamžitě změnil dynamiku univerzitního basketbalu. Během své první sezóny v roce 1978–79 vedl tým k bilanci 26–3 a do semifinále turnaje NCAA, kde DePaul prohrál s Indiana State vedeným Larrym Birdem. Tento výkon z něj udělal celonárodně uznávaného hráče. Aguirre pokračoval v dominanci i v následujících sezónách. V letech 1980 a 1981 byl dvakrát zvolen do prvního týmu All-American a v roce 1980 byl dokonce jmenován hráčem roku podle UPI. Během své tříleté univerzitní kariéry si průměrně připisoval 24,5 bodu a 7,6 doskoku na zápas, což ho řadí mezi nejproduktivnější hráče v historii DePaul. Jeho schopnost skórovat z jakékoli pozice a vést tým k vítězstvím z něj udělala nepochybnou jedničku pro nadcházející draft do NBA.
V roce 1981 byl Mark Aguirre vybrán jako první celkově v draftu NBA týmem Dallas Mavericks. Tento výběr znamenal začátek nové éry pro rozvíjející se franšízu. Aguirre se okamžitě stal ústřední postavou týmu a jeho hlavním střelcem. Během své nováčkovské sezóny si průměrně připisoval 18,7 bodu na zápas a ukázal, že je připraven převzít roli lídra. Mavericks postupně budovali tým kolem něj a dalších mladých talentů jako Rolando Blackman a Derek Harper. Aguirreho útočné schopnosti byly mimořádné; dokázal skórovat z dálky, prodírat se do koše a být efektivní i v post-upu. Jeho hra byla plná energie a vášně, což ho činilo oblíbeným mezi fanoušky, ale občas i zdrojem kontroverzí kvůli jeho temperamentu.
Nejlepší individuální sezóny za Dallas zažil v polovině 80. let. V sezóně 1983–84 si připsal průměrně 29,5 bodu na zápas, což bylo nejvíce v jeho kariéře. Byl klíčovým hráčem, který pomohl Mavericks poprvé v historii týmu dostat se do play-off v roce 1984. V následujících letech se stal třikrát NBA All-Star – v letech 1984, 1987 a 1988. V sezóně 1986–87, kdy si průměrně připisoval 25,7 bodu, 5,3 doskoku a 4,9 asistence, vedl tým k jednomu z nejúspěšnějších období v historii franšízy. V roce 1988 se Mavericks dostali až do finále Západní konference, kde v sedmi zápasech prohráli s pozdějšími šampiony Los Angeles Lakers. Aguirreho role v těchto úspěších byla nezastupitelná. Celkově v dresu Mavericks si průměrně připsal 24,6 bodu, 5,7 doskoku a 3,7 asistence na zápas. Navzdory jeho individuálním brilantním výkonům a tomu, že byl tváří franšízy, se v průběhu let objevovaly zprávy o neshodách s trenéry a některými spoluhráči, což nakonec vedlo k jeho odchodu.
V únoru 1989 došlo k obchodu, který otřásl celou ligou. Mark Aguirre byl vyměněn z Dallas Mavericks do Detroit Pistons, a to za Adriana Dantleho a výběr v prvním kole draftu. Tento přestup znamenal pro Aguierra zásadní změnu role. Z hlavní ofenzivní zbraně a prvního střelce týmu se stal důležitým doplňkem k hvězdám jako Isiah Thomas, Joe Dumars a Dennis Rodman v týmu známém jako „Bad Boys“. V Detroitu se musel přizpůsobit defenzivnímu systému trenéra Chucka Dalyho a přijmout méně prominentní roli v útoku, což pro něj nebylo vždy snadné. Nicméně, jeho zkušenosti a schopnost skórovat z lavičky se ukázaly jako neocenitelné.
Aguirreho příchod se ukázal být klíčovým pro Pistons v jejich cestě k šampionátu. Již ve stejné sezóně, v roce 1989, pomohl Detroitu získat první titul NBA v historii franšízy, když ve finále porazili Los Angeles Lakers. Jeho příspěvek, ačkoliv nebyl statisticky tak výrazný jako v Dallasu, byl zásadní z hlediska zkušeností a hloubky kádru. V sezóně 1989–90 Pistons úspěšně obhájili titul, když ve finále zdolali Portland Trail Blazers, a Aguirre tak získal svůj druhý mistrovský prsten NBA. Během svého působení v Detroitu (1989–1993) si průměrně připisoval 12,9 bodu, 3,9 doskoku a 2,5 asistence na zápas. Jeho schopnost přijmout novou roli a obětovat část své individuální slávy pro týmový úspěch ukázala jeho basketbalovou inteligenci a touhu po vítězství.
Po čtyřech a půl sezónách v Detroitu, kde se stal dvojnásobným šampionem, odešel Mark Aguirre v roce 1993 jako volný hráč a podepsal smlouvu s Los Angeles Clippers. V Clippers strávil jednu sezónu (1993–94), kde jeho role byla spíše sporadická a jeho statistiky klesly na 5,0 bodu na zápas. Po této sezóně v Los Angeles se rozhodl ukončit svou aktivní hráčskou kariéru v NBA. Celkově odehrál 13 sezón v NBA, nastřádal 18 458 bodů (průměr 17,6 na zápas), 4 716 doskoků (průměr 4,5 na zápas) a 3 309 asistencí (průměr 3,1 na zápas).
Po skončení hráčské kariéry zůstal Mark Aguirre blízko basketbalu. Působil jako asistent trenéra v několika týmech NBA. V letech 2004–2007 pracoval jako asistent trenéra v Dallas Mavericks, kde se vrátil do týmu, který ho kdysi draftoval a kde strávil nejproduktivnější léta své kariéry. Později se přesunul do New York Knicks, kde byl asistentem trenéra v letech 2007–2012 pod hlavním trenérem Mikeem D’Antonim. Aguirreho život po kariéře hráče se tak nadále točí kolem milovaného sportu, kde se snaží předávat své bohaté zkušenosti mladším generacím.